御史杨崇伊至颐和园上封事于慈禧，请太后“训政”。同时谭嗣同访袁世凯，劝助新政，袁伪装答应，旋即向荣禄告密。

       1861年11月2日，慈禧在以奕䜣为首的贵族、官僚和帝国主义的支持下发动北京政变，从载垣、端华、肃顺等8位赞襄政务王大臣手中夺取政权，以垂帘听政的名义登上了统治者的宝座。但是，巩固政权比夺取政权要困难得多。为了维持统治，她作出了一系列重大的决策。其中，最值得注意的是对政敌的处理和清理狱讼。
　　北京政变后，载垣、端华、肃顺被革去爵职，拿交宗人府，会同大学士、九卿、翰、詹、科、道定拟罪名，照大逆律凌迟处死。慈禧将载垣、端华两位亲王改为赐令自尽。端华之弟肃顺改为斩立决。其余5人，原拟革职，发往新疆效力赎罪。因为景寿是道光皇帝的女婿，奕䜣的姐夫，慈禧对他的处分改为革职，仍留公爵并额驸品级，免其发遣。除穆荫照原拟革职，发往军台效力赎罪外，匡源、杜翰、焦佑瀛均改为革职，免其发遣。
　　查办载垣、端华、肃顺党羽时，仅将尚书陈孚恩、侍郎刘琨、黄宗汉、成琦、太仆寺卿德克津泰、候补京堂富绩6人革职。后来，从查抄肃顺家产中发现陈孚恩亲笔书信多封，并有暧昧不明之语。于是，查抄陈孚恩的家产，并照刑部所拟罪名，将陈孚恩发往新疆效力赎罪。但是，从查抄肃顺家产中发现的账目、书信，还涉及许多中央和地方官员。如果一一查办，势必株连甚众。为了表示自己“宽厚和平”，使这些官员放下包袱，慈禧谕令议政王、军机大臣，将此次查抄肃顺家产内账目、书信，“即在军机处公所公同监视焚毁，毋庸呈览。”总之，这一大的政变，处理得十分圆满。原8位顾命赞襄政务王大臣，处死3人，处分5人；与其关系密切的处理了陈孚恩等6人，太监5人，共计19人。这与肃顺办理的戊午科场案动辄处分牵连数百人，不可同日而语。政变从发动到处理完毕，也只有一个月时间。时间之短促，也是令人吃惊。以上事实说明，慈禧是宽厚的。但是，在另一方面，她又十分残忍。她依靠曾国藩的湘军，李鸿章的淮军，先后镇压了太平天国、捻军以及回民和苗民起义。1864年7月19日，湘军攻破太平天国的首都天京（今南京）的时候，分段搜杀，三日之间，杀害太平军将士十余万人，“秦淮河尸首如麻”。
　　革新与守旧19世纪60至90年代，清王朝的一部分中央和地方官员主张学习西方近代的科学技术，训练新军，购买枪炮、军舰，发展中国的军事工业和民用工业，以达到富国强兵的目的。他们的代表人物，在中央有奕?、文祥，在地方有曾国藩、李鸿章、左宗棠、张之洞。尽管他们的改革没有触及封建专制的政治制度和社会制度，但是，在顽固派看来，却是“用夷变夏”，违背了祖宗成法和圣贤古训。所以，洋务运动一开始，就遭到顽固派的坚决反对。在洋务派与顽固派的斗争中，慈禧熟悉政治手腕玩起了平衡策略，一方面，支持以奕?为首的洋务派，另一方面，又扶植顽固派以牵制洋务派。
　　1866年12月，奕䜣奏请在同文馆内添设分馆，招收科举出身的人员学习天文、数学。大学士倭仁亲自出马，上书慈禧，坚决反对。他认为，让科举出身的人员向外国人学习天文、数学是斯文扫地。他声称，中国之大，不愁没有人才，只要多方访求，一定可以找到精通天文、数学的人，为什么一定向外国人学习呢！慈禧让他保举几名精通天文、数学的人才，并由他负责选定地方办一个天文数学馆与同文馆分馆互相砥砺。他只好承认实无可保之人。慈禧又让他到主持洋务的总理事务衙门行走。倭仁一向痛恨洋务，现在要他去办洋务，感到是对自己侮辱，再三推辞，慈禧却不肯收回成命，弄得这位顽固派的代表人物十分难堪。他到上书房给同治帝讲课，有所感触，不禁流下了眼泪。倭仁最后以养病为理由，奏请开缺。经慈禧批准，免去他的一切职务。
　　中日甲午战争失败后，帝国主义掀起了瓜分中国的热潮，民族危机空前严重。在维新派的影响下，光绪锐意变法。变法和反变法的斗争非常激烈。1898年6月11日，慈禧面告光绪：“前日御史杨深秀、学士徐致靖言国是未定，良是。今宜专讲西学，明白宣示。”于是，光绪发布了由翁同龢起草的《定国是诏》，把讲求西学，变法自强，作为清王朝的国策，使维新运动取得了合法地位。但是，这次变法，涉及了清王朝的政治体制，而慈禧改革底线是祖宗之法不能变。随着变法的深入，慈禧和维新派的分歧越来越大。特别是康有为建议的仿先朝开懋勤殿一事，选举英才，并邀请东西洋专门政治家共议制度，将一切应革之事全盘筹算，然后施行，更是慈禧所不能接受。当光绪向慈禧提出这一请求的时候，“太后不答，神色异常。”从慈禧的表情，光绪感到变法已出现危机。为了使变法能进行下去，康有为、谭嗣同等密谋策划，争取正在天津小站练兵的袁世凯以所部新建陆军入京，围颐和园，逼迫慈禧退出政治舞台。由于顽固派势力强大，袁世凯又是一个投机分子，根本不可能站在维新派一边。这场自上而下的改革失败了。谭嗣同等6人被杀害，康有为、梁启超逃亡国外，一些参与或支持变法的官员，受到了降级、革职、流放的处分。一切新政全被废除。
　　慈禧的一生，经历了从1840年至1900年帝国主义侵略中国的5次战争。第一次鸦片战争，她还是一个5岁的孩子。第二次鸦片战争，她已是咸丰皇帝的懿贵妃。以后的中法战争、中日甲午战争、八国联军入侵，她则是清王朝的最高决策者，从慈禧的主战与求和，可以看出慈禧与帝国主义关系的变化。
　　1860年9月21日，清军在八里桥之战中遭到失败，英法联军进逼北京，咸丰决定逃往热河避暑山庄。当咸丰即将出发的时候，懿贵妃极力谏阻，请求咸丰留在北京，继续抵抗。为此，她触怒了咸丰，差一点引来杀身之祸。奕?与英法联军签订《北京条约》，懿贵妃深以为耻，劝咸丰废约再战。因为咸丰病危，只好作罢。
　　中法战争爆发后，主战派和主和派的斗争非常激烈。慈禧将清军的接连失利归罪于奕?的“因循委靡”，免去他的一切职务，其他4位军机大臣也全部罢免。但是，清政府内部的和战之争并未停止。1884年8月23日，法国军舰向福建水师发动突然袭击，福建水师全军覆没。慈禧谕令对法宣战，并将继续坚持和议的张荫桓等6位总理衙门大臣革职。1885年2月，法军攻占谅山，慈禧转向主和。镇南关的失守，慈禧更丧失了对战争胜利的信心。授权中国海关驻伦敦办事处的英国人金登干到巴黎与法国外交部秘密议和。1885年4月4日，授权金登干与法国政府签订《巴黎停战协定》。6月9日，又授权李鸿章，在天津与法国驻华公使巴德诺签订《中法新约》。光绪二十年（1894年）十月初十，是慈禧的60岁生日，准备在颐和园大规模的进行庆祝。除了在颐和园大兴土木之外，还在从紫禁城西华门至颐和园东宫门跸路所经分设60段景点，建造各种形式的龙棚、经坛、戏台、牌楼和亭座。此时中日战争爆发了。中外舆论认为，中国必胜。光绪主战，慈禧亦主战，“不准有示弱语”。但是，当有人提出停止颐和园工程，停办景点，移作军费的时候，慈禧却非常生气，说，“今天谁让我不高兴，我就要他一辈子不高兴。”后来，清军在朝鲜战场上接连失利，北洋水师在黄海之战中又遭受严重挫折。为了不影响自己的六旬庆典，慈禧希望外国出面干涉，尽快结束战争。她支持李鸿章避战求和的方针，以各种借口，打击以光绪为首的主战派。由于形势日益紧张，她不得不改变原来的计划，所有庆辰典礼，著仍在宫中举行，其颐和园受贺事宜，即行停办。在金州、大连相继陷落，旅顺万分危急的情况下，慈禧在紫禁城内的宁寿宫度过了她的60岁生日。
　　1895年2月7日，威海卫日舰及炮台夹攻刘公岛，北洋水师全军覆没。1895年4月17日，李鸿章与日本代表伊藤博文签订了丧权辱国的《马关条约》。义和团运动刚刚在山东兴起，开展“灭洋仇教”的反帝斗争的时候，慈禧是主剿的。她多次谕令地方督扶“实力剿捕，毋得养痈贻患。”由于义和团的迅猛发展并进入北京，各国驻华公使在照会清政府强烈要求镇压义和团之后，又不顾清政府的反对，坚持调兵进京，在使馆官员的指挥下，肆意抓捕、驱赶、枪杀甚至炮击义和团及中国居民。统治集团内部，以载漪、刚毅、徐桐为代表的顽固派，主张招抚义和团，抗击列强。而奕?、王文韶、刘坤一、张之洞、袁世凯等中央和地方官员，则主张痛剿义和团，避免列强的武装侵略。因为“外国人欺我太甚”，慈禧早已耿耿于心，对顽固派的意见非常欣赏。同时，她看到一份所谓的“洋人照会”，要勒令她归政，更是忍无可忍，决意宣战。就在这一天，八国联军已经攻占大沽口炮台了。6月21日，慈禧以光绪名义发布对各国宣战的诏书。但是，慈禧的决定，遭到了刘坤一、张之洞等地方督抚的反对。他们联名电奏清廷，力主剿团乞和。并积极活动，与列强订立条约，实行“东南互保”。慈禧的决心开始动摇。她一方面要求各省将军督抚认真布置战守事宜，并继续利用义和团围攻使馆、抗击八国联军。另一方面，她令荣禄前往使馆慰问各国使臣，并于北玉河桥树立木牌，牌上大书“钦奉懿旨，保护使馆”。又分别致国书于俄、英、日、德、美、法等国国家元首，请他们出面“排难解纷”、“挽回时局”。将两广总督李鸿章调任直隶总督兼北洋大臣，准备与列强谈判。
　　但是，八国联军并没有停止进攻。8月14日，进入北京。次日凌晨，慈禧带着光绪，在2000余名兵勇的护卫下仓皇出逃。令奕䜣、李鸿章为全权大臣，与列强进行谈判。把战争的责任推到义和团身上，对义和团“痛加剿除”。经过几个月的反复交涉，除了参加侵略的俄、英、美、日、德、法、意、澳八国之外，又加上比利时、西班牙和荷兰共同拟定了议和大纲12条。12月22日，李鸿章从美国使馆抄得一份材料，立即电告军机处，转呈慈禧。慈禧看到没有将她列为祸首，也没有要她归政光绪，如获大赦。当天就电复奕?、李鸿章，大纲12条，原则上照允。并发布上谕，要“量中华之物力，结与国之欢心。”为了尽快地达成和议，全部接受列强提出的条件。1901年9月7日，奕䜣、李鸿章代表清政府与11个帝国主义国家签订了空前屈辱的《辛丑条约》。慈禧完全屈服了，清政府成了洋人的朝廷。